All’interno di Palazzo Poggi una ricca biblioteca doveva costituire il centro dell’attività dell’Istituto delle Scienze. Marsili mise in gioco parte delle sue sostanze e tutte le sue relazioni internazionali per favorire un flusso continuo di nuovi libri da tutta l’Europa.

Pochi anni prima della morte, all’atto della ristampa del suo Danubius Pannonico-Mysicus, Marsili stipulò un particolare contratto con l’editore olandese che prevedeva, anziché un compenso per sé, la consegna alla Biblioteca di Palazzo Poggi di quelle opere «che egli (Marsili) crederà utili all’Istituto».

Preoccupazione analoga a quella di Marsili, assillò a lungo il papa Benedetto XIV: su sua sollecitazione e dietro un suo specifico contributo economico, fu completata, nel 1744, la costruzione dell’imponente aula magna al piano nobile dell’edificio, nella quale finalmente avrebbero potuto trovare posto, essere catalogati e offerti alla consultazione dei dotti i volumi già in possesso dell’Istituto e quelli che nel frattempo si sarebbero resi disponibili.

La prima biblioteca dell’Istituto delle Scienze, in funzione dal 1724, fa oggi parte del percorso museale.