Centrale nel dibattito scientifico della prima metà del ’700 fu la discussione sui fossili. Una discussione che si collegava alle più recenti indagini sulla struttura della terra e sull'età del mondo.

La comunità scientifica, fino a un secolo prima impegnata a discutere sulla natura, organica o inorganica, delle cosiddette “pietre figurate”, rivolgeva ormai la propria indagine sull'origine, sui modi e sui tempi necessari alle trasformazioni degli organismi fossilizzati. Per i sostenitori della teoria diluviana, difesa a Bologna dai seguaci di J. Woodward (1665-1728) e di J. J. Scheuchzer (1672-1733), erano testimonianze e reliquie del Diluvio biblico; per altri, influenzati oltre che da G.L. Buffon (1707-1788), anche dalle tesi di A. Vallisnieri (1661-1730) e dello stesso Marsili, erano il risultato di trasformazioni progressive.

La raccolta di fossili dell'Istituto delle Scienze, il Museum diluvianum ordinato e classificato da Giuseppe Monti (1682-1760), si richiamava alla teoria diluviana. Vallisnieri suggeriva di attribuire non a una catastrofe improvvisa, ma al naturale deflusso delle acque del mare, prodotto di successive inondazioni, l’origine degli organismi «fossilizzati». Posizione largamente condivisa dai naturalisti dell'Istituto, tra i quali Marsili e Ferdinando Bassi, era quella che inclinava non a negare l’evento biblico del Diluvio, ma a non considerarlo come unica causa delle modificazioni della superficie terrestre e dell'inclusione di resti organici nel materiale geologico.